IAIN Purwokerto melakukan koordinasi penetapan standar mutu pendidikan dan non pendidikan pada 12 Mei 2016 di Ruang Pertemuan lantai 4 Gedung Rektorat. Acara ini diikuti oleh pimpinan Unit, Lembaga, Dekanat, dan Kaprodi.

Menurut Dr. H. Suwito, M.Ag. standar Mutu di IAIN Purwokerto dilakukan berdasarkan ketentuan tentang jenis dan tolok ukur layanan minimum yang diberikan oleh kepada seluruh pemangku kepentingan dalam melaksanakan Tridharma Perguruan Tinggi dengan mempertimbangkan kualitas layanan, pemerataan, kesetaraan layanan, biaya, dan kemudahan untuk memperoleh layanan.

Standar Mutu Akademik disusun berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan Nasional RI, Nomor 53 Tahun 2008, tentang Pedoman Penyusunan Standar Pelayanan Minimum Bagi Perguruan Tinggi Negeri. Ruang lingkup Standar Mutu Akademik menguraikan tentang semua standar layanan yang diberikan PTN termasuk IAIN Purwokerto.

Dalam bidang pendidikan, Standar Mutu Akademik adalah standar akademik yang dikembangkan berdasarkan peraturan akademik, best practice selama ini dan benchmarking dengan standar akademik yang biasa digunakan dalam akreditasi nasional dan internasional.

Hal itu dilakukan agar seluruh pemangku kepentingan memiliki pemahaman dan persepsi yang sama tentang Standar  Akademik, maka perlu pemahaman yang selaras terkait dengan standar mutu yang jelas.