Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) adalah lembaga baru seiring dengan perubahan status Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Purwokerto menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Purwokerto yang saat STAIN bernama Pusat Penjaminan Mutu (P2M). LPM bermetamorfosis dari Unit Penjaminan Mutu Akademik (UPMA) di bawah koordinasi Pusat Sumber Belajar (PSB). Memang keberadaan UPMA telah terbentuk pada tahun 2004 berdasarkan Statuta STAIN Purwokerto.

Pejabat yang mengelola UPMA saat itu adalah Sony Susandra, M. Ag, saat lembaga tersebut masih di bawah koodinasi PSB yang dikepalai oleh Suwito NS, M. Ag. Pada tahun 2008 sebagai kepala PSB, Suwito NS melanjutkan studi, maka Kepala PSB dijabat oleh Fauzi, M. Ag, dengan Kepala UPMA tetap dijabat oleh Sony Susandra, M. Ag.